“子午流注”图中将人体五脏六腑及十二经脉与一昼夜的12个时辰的对应关系，展示于宇宙及地球之间。 子午流注是以五输穴为基础，综合日、时、干支的运算而创立的。“子午”是指时间，即十二地支、阴支与阳支的代表。“岁有十二月，日有十二辰”。“子午为经，卯酉为纬”。“流注”是以“所流为荥”“所注为输”的用语而来，是指气血运行之规律。
    古人用子、午、卯、酉将一年划分为四个季节，再用昼夜朝夕来说明人体经脉流注，气血盛衰，开合的情况,其目的是为了阐明外界环境变化对人体之影响。 “生物钟”学说也提示了人体生物节律与疾病的关系沟通了传统医学和现代医学对人体时间节律之认识。
中医时间治疗学就是具有宇宙层次的一种调控治疗方法，即：“子午流注”的理论。